Di awal perang kemerdekaan sejumlah arsip penelitian geologi di Indonesia pernah sangat dicari-cari oleh NICA, namun untungnya semua arsip tersebut berhasil diungsikan ke Bukittinggi. Tak hanya arsip, fosil tengkorak manusia purba pun berhasil diselamatkan oleh seorang pegawai museum dan sempat dibawa keluar negeri oleh seorang peneliti yang bernama Prof Dr.GHR Von Koeningswald, namun akhirnya kembali dan disimpan di Universitas Gajah Mada Yogyakarta.
Di museum ini kini banyak terdapat jenis batu-batuan, fosil binatang purba, fosil binatang laut bersel satu, diorama, peta geologis, peralatan tambang, pengeboran minyak, proses penyulingan minyak, hasil penelitian geologi, vulkanologi dan arsip ilmiah.